Самара была основана в 1586 г. по указу царя Феодора Иоанновича как крепость с целью защиты судоходства на участке реки, протекавшего рядом с городом, и для охраны границ. Основателями Самары были воевода Засекин и стрелецкие головы Елчанинов и Стрешнев. Воевода фактически являлся военным и одновременно - основным чиновником, отвечавшим за управление крепостей или городов до 1775. Основными проблемами для их воеводства являлась бурная деятельность местных казачьих атаманов и кочевников - татар и ногаев.

Первое место для крепости было найдено на правом берегу реки Самарка. Позже территория города распространилась и на левый берег реки Волга. В 1606 г. Самарский край получил таможню и порт на Волге. Не все, правда, в XVII в. способствовало развитию региона. Так, Степан Разин захватил Самару в 1670 г. и воевода Алфимов был утоплен Разинскими бандитами.

В 1688 г. статус центра края изменился - Самара из крепости стала городом.